Masyita Crystallin memulai karir sebagai dosen di Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia, dan saat ini merupakan peneliti senior di Lembaga Demografi, Universitas Indonesia. Pada tahun 2020, Masyita mendapat kepercayaan untuk menjabat sebagai Staf Khusus Menteri Keuangan Bidang Perumusan Kebijakan Fiskal dan Makroekonomi, dengan pengalaman yang beragam sebelum bergabung dengan Kementerian Keuangan Republik Indonesia. Sebelumnya, Masyita merupakan Kepala Ekonom Bank DBS Indonesia, yang bertanggung jawab untuk melakukan analisis makroeknomi, fiskal, dan pasar keuangan. Selain itu, Ekonom alumna Universitas Indonesia ini juga pernah bergabung dengan World Bank sebagai Ekonom Makro pada Tim Manajemen Makro-Fiskal, bagian dari tim inti ekonomi yang memberikan masukan dan dukungan kebijakan dan analisis untuk Badan Kebijakan Fiskal Kementerian Keuangan.

Masyita mendapat kepercayaan untuk berperan sebagai Sherpa dalam Koalisi Menteri Keuangan untuk Perubahan Iklim, dimana Menteri Keuangan Republik Indonesia, Sri Mulyani, berperan sebagai Co-chair bersama Belanda. Kepercayaan mengemban tugas sebagai juru bicara dari Sovereign Wealth Fund Indonesia, Indonesia Investment Authority (INA) juga dijalani oleh Ekonom lulusan Master di Australian National University ini. Tidak berhenti di sana, Masyita yang pada tahun 2015 menerima gelar Doktor di bidang Ekonomi dari Claremont Graduate University, Amerika Serikat.

Masyita pernah berbagi peran dalam pemerintahan sebelum bergabung dalam Kementerian Keuangan RI, seperti menjadi Tenaga Ahli Bidang Kebijakan Makroekonomi untuk Menteri Koordinator Bidang Maritim, dengan fokus pada percepatan pengembangan infrastruktur dan pariwisata, dan juga menjadi anggota tim nasional peningkatan ekspor dan investasi yang dipimpin oleh Menteri Koordinator Bidang Perekonomian.